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学科建设办公室是医院学科规划、建设和评估的归口管理部门，是为医学部学科建设提供行政支撑与服务的职能部门。主要职责是：
执行学校、医院学科建设决策，制定学科发展规划；协调与推进学科建设工作；负责学科评估工作；协同推进医学交叉平台建设，促进医学交叉发展。申报国家级、省级重大学科、人才项目。
